富集型群養系統中的墊板常常被雞糞污染。受污染的墊板提高了人們對生產環境中微生物質量的擔憂，進而增加了對雞蛋安全或其他疾病發生率的關注。研究和開發應注重于研究能夠保持墊板清潔的方法。這一方面的軼事證據表明，墊板的大小對于其清潔度會產生重要的影響。
對于使用墊料的平養系統（如大鳥籠式雞舍）而言，現場數據表明，此類飼養系統中空氣懸浮顆粒的濃度和排放率遠高于傳統籠養系統。較高的PM濃度會影響蛋雞和工作人員的健康。已有有效的灰塵控制系統可用于控制動物飼養舍內PM的產生，如電子沉降系統可降低肉雞舍內的粉塵，油滴噴霧系統可抑制豬舍內的粉塵。然而，能否在大鳥籠式雞舍中使用這類系統還不可確定，因為電子沉降系統會使灰塵附著到雞舍的設備上，而噴霧的油滴會使母雞在地面和籠層之間移動時增加受傷的可能性。因此，還需要繼續研究其他可顯著降低非籠式飼養系統中粉塵產生量的方法，同時還需要研究創新性的工程學設計。
光照管理在蛋雞飼養中起到很重要的作用。在非籠式飼養系統中，即大鳥籠式雞舍，正確的光照程序是訓練蛋雞將蛋產在指定的產蛋箱中而不是產在墊料/糞便地面的關鍵。用可調光照系統模擬傍晚和黎明，比在早晨突然開/關燈以喚醒蛋雞并鼓勵他們在晚上回巢更有效。
